杨元成在率大军赶到厦门后，又派出大量的斥候探听漳州李延钰三万清军的动向，而清廷的金门镇总兵严海昌也是聚集了一万清军，全部龟缩在厦门岛上，准备死守到底，杨元成此刻站在海边，看着就在眼前的厦门岛，心中不由有些后悔自己的冲动，不说红巾军从未有过攻打岛屿的经验，就是眼前这道海峡，杨元成也没能收集到船只来渡过，附近的渔船早就被清军收罗一空了，但如今就算攻下厦门岛的希望不大，杨元成也别无选择了。
杨元成在收集不到渡海的船只后，只好派人到附近山林之中砍伐树木，临时赶工制造木筏用以渡海，杨元成用了三日的功夫才勉强造出一次可渡过五千大军的木筏，虽然这些木筏明显不够用，但杨元成知道不能在木筏上再浪费时间了，因此杨元成一面令人继续打造木筏，一面下令开始攻打厦门。
杨元成将这可五千人马分为两部，一部三千人，一部两千人，以三千人马先锋，如果这三千人马能在厦门岛的滩涂站稳跟脚，剩余的两千人马便可作为后续支援，帮助在滩涂上站稳跟脚的红巾军先锋抵挡岛上清军的反攻，而如果三千先锋人马没能在滩涂上站住跟脚，后续的两千人马也可作为生力军支援之前的四千人马，之前运输三千人马的木筏也可趁机再次运兵进攻厦门岛，如此一来便可让红巾军源源不断的攻打厦门。
在杨元成一声令下后，三个营的红巾军迅速踏上了驶向厦门岛的木筏，而在厦门岛上，清军总兵严海昌也是在离滩涂一百来丈的地方，架设了各类的火炮火器，在这些火炮前面的不远处，又有数排手持火枪鸟統的清军，不过此时这些枪手都是趴在地上，而在那些火炮的后面，还有数千列好阵势的清军大刀兵和长矛兵。
严海昌所处的地方，正是红巾军于要进攻的正面，而在厦门岛其他三面，严海昌也是各布置了数千清军把守，在红巾军开始进攻时，几只在海上盯着红巾军动向的清军探船，也是迅速返回厦门岛，将红巾军开始进攻的消息传给严海昌。
横在杨元成面前的海峡并不是很长，三千红巾军很快到达厦门岛的滩涂边，但在红巾军还未尽数走下木筏时，严海昌一声令下，清军的火炮就是一阵轰鸣，许多红巾军的木筏都被掀翻，本要列好阵势开始冲锋的红巾军也被这一阵火炮打的一片混乱。
但严海昌见此并没有下令身后的清军开始冲锋，趴伏在火炮前的清军火枪手，虽然也被自己家的火炮吓得半死，但在严海昌的严令下，也是继续的趴在地上不动，而训练有素的红巾军虽然被清军这一阵迎头的火炮打的混乱不堪，但在红巾军各级官佐的号令下，还是在浅滩中很快的列好阵势，并在各营的管带的带领下，迎着清军的火炮向清军的阵势冲去。
但当红巾军快要冲到清军火炮阵地上时，趴伏在火炮前的清军火枪手，也在严海昌的令下，先是第一列清军火枪手站起，对着冲来的红巾军一阵排枪，在放完一枪后，第一列清军火枪手很快又趴下，身后的第二列清军火枪手又很快的站起对着红巾军又是一阵排枪，如此反复，红巾军冲锋的阵势又被清军打散。
好在清军的火器并不是很多，威力也不是很大，清军的火器虽然数次打散红巾军的阵势，但并没有给红巾军造成太大的伤亡，但就在此时，严海昌身后清军的大刀队和长矛兵在严海昌又一声令下，向阵势陷入混乱的红巾军冲去，红巾军的阵势还未组织好，便在这些清军的冲锋下纷纷向后退去，而刚准备返回岸边运接下一队的红巾军木筏队伍见此，只好将败退的红巾军接上木筏，一齐退向岸边的红巾军大营，但因为清军追击的紧，使得许多红巾军没能上的木筏，只能被清军剿杀在滩涂上。
当杨元成得知红巾军的三千先锋败退的如此之快时，不由一阵愕然，杨元成赶紧取消后续两千人马的进攻计划，随后杨元成又仔细的清点了下剩余的红巾军先锋队，竟发现三千人的先锋队如今竟只剩下一千余人，三个管带更是只剩一个回来，杨元成看到这个结果不由陷入沉默。
但要是杨元成此时后撤的话，不说对红巾军的士气是很大的打击，就是李士稷那，杨元成也不知该如何交代，因此杨元成在沉思一阵后，心中一咬牙，又对身边侍卫道;“传令下去，将五千人马分为两部，绕开清军有重兵防守的厦门岛正面，改从厦门岛的两翼进攻厦门“。传令兵听此领命而去。
在一番准备后，红巾军再次向厦门岛发起了进攻，而红巾军进攻方向的改变，也很快被海上清军的探船得知，杨元成虽明知那些快船是清军的探船，但也没有办法拿他们怎么样，红巾军两部一起出发，所以两部几乎是同时踏上厦门岛的滩涂，同时向清军发起了进攻。
但这并没有什么用，虽然红巾军从两翼同时进攻厦门岛，可以牵扯住清军首尾不能兼顾，但严海昌的后手显然不止那些火器，而红巾军自身进攻的兵力也没有占到太大的优势，虽然两部红巾军都曾一度在滩涂上站稳跟脚，但红巾军没料到厦门岛上的清军竟然还有骑兵，虽然清军马队的数量不多，但在双方势均力敌的时候，红巾军还是因为清军的这些清兵而最终败退。
杨元成并没有因为又一次的失败而选择后撤，而是继续选择攻打厦门，但在七八日后，杨元成得知丁三宝运粮队伍被李延钰